古巴地區限量版雪茄估計是爭議最大的一類版本了，每次和朋友聊起不同類型的雪茄，古巴地區限量版總是不能統一歸類，事實也是如此。古巴地區限量版雪茄的品質千差萬別，有感受很好的，也有感受算差的，大部分感受也就常規版本雪茄多了一個地區標。古巴的地區限量版雪茄計劃從2005年開始，一開始就是利用當時17個本地和多本地品牌進行發布。這些地區版本雪茄都是限量生產的雪茄，專為區域市場制造，范圍可以從特定國家到地理區域。例如太平洋是哈伯納斯亞洲最大的代理商，可以發行亞太地區版，也可以發行中國地區版等等。地區限量版采用兩個標簽，一個是品牌的標準標簽，一個是地區標簽。同時地區限量版制定了一系列要求，要求所有的地區限量版本雪茄必須使用現有產品系列中的尺寸，同時不能直接使用該品牌現有常規產品。另外把能推出地區限量版本的品牌做了規定，所有的全球品牌和利基品牌不能推出地區限量版本，因為這些品牌在全世界發售，不能由某個經銷商來獨家發售這些品的某個產品。所以類似高希霸、蒙特、帕塔加斯、羅密歐與朱麗葉、好友、烏普曼等等這些極為知名的品牌都沒有地區限量版。

地區版雪茄在古巴雪茄中是一個非常特別的類型，因為地區版本雪茄的發起者是哈伯納斯的區域代理商，而不是哈伯納斯，其他雪茄版本都是哈伯納斯官方發起的，由哈伯納斯完整統籌的。哈伯納斯采用的是區域代理商的方式，一個大代理商獨家代理了某些區域的雪茄銷售，這些代理商有大有小，各自負責自己區域的銷售。所有的代理商都可以發起生產所代理地區限量版雪茄的要求。代理商需要選擇古巴雪茄工廠、選擇雪茄品牌，同時要確定雪茄的口味、名字包裝等等。還要設定生產規模和銷售策略，例如有的代理商會將地區限量整合到旅游產品里面。

之后代理商會把這個地區版本的申請提交給哈伯納斯，接下來就是等待批復，這個過程長達數年，也就是從提交申請到正式推出很有可能要經過幾年，特殊情況也有可能很快，例如2017年太平洋雪茄創始人鄧永鏘爵士去世，為了紀念鄧永鏘爵士，迅速推出了一款潘趣鄧爵士香港地區限量版。代理商的申請如果批準了，地區限量版雪茄就會推出，一般這款雪茄兩年內的所有權是歸這個地區經銷商所有，代理商承擔發行成本。一些經銷商會選擇在第二年補充發行。再發行的雪茄除了會標注上“再發行”的說明之外，和之前一年發行的限量版雪茄完全一樣。兩年之后哈伯納斯有權將其納入常規組合。

古巴地區限量版雪茄確實也出過不少特別的雪茄，例如玻利瓦爾2008北京奧運會、2009年潘趣金色特別魚雷、2011年發行的玻利瓦爾中國古巴建交紀念瓷罐等等。可是由于古巴地區限量版并沒有統一的標準，不管是每年發行的款型數量、每年可以發行的品牌、每年發行的地區、發行的雪茄數量等等都沒有統一的標準，例如2009年、2011年、2022年都發行了24款不同的地區限量版雪茄，最早的2005年只有五款，2012年也只有九款，2019年就更少，只有雷蒙阿隆腓尼基貿易40周年一款地區限量版雪茄。地區限量版雪茄成為古巴雪茄特別版本類別中數量最多，品質最參差不齊的一類。