古巴煙草研究院，全稱叫做Instituto de Investigaciones del Tabaco，主要的工作是控制煙農使用的種子，并進行研究用天然的混合和選擇方式來提高種子的品質。是哈瓦那雪茄受保護起源名稱監管委員會的成員。

很多人認為這個機構是古巴革命后才成立的，其實古巴煙草研究院在古巴革命前就存在了。1931年比那爾德里奧地區爆發了一場煙葉流行病，嚴重到要毀掉煙草種植園。當時國家哈瓦那煙草宣傳和防御委員會將工程師克魯茲和北美昆蟲學家布魯納派往那個地方，以調查發生的事情。

專家們裁定，造成這種疾病的根本原因是在這些地區種植了大量的“劣質”煙草品種，這些品種發生病害的幾率很大，而且很容易傳播病蟲害。所以需要一個實體來負責解決這些問題。

在一份由農業工程師羅曼·佩雷斯于1935年撰寫的文件中提到“有必要更多地關注我們產品的改進，就像其他國家做的那樣，我們只能因為它的質量而強加我們的市場。”由于這些原因，現在是創建一個真正的煙草研究院的時候了。他進一步指出：“當務之急是實現煙草種類的統一，正如農業發達的國家對從我們的田地中取代的所有植物所做的那樣，種類繁多。在施肥方面，我們還有很多需要研究，在干燥和發酵方面，我們和早期種植煙草時一樣……”

這才有了古巴煙草研究院的成立，這個研究院一開始就是一個實驗站，叫做圣胡安和馬丁內斯煙草實驗站，這個實驗站于1937年1月 31 日星期日落成，但奠基日期是1936年5月10日，這是對國家哈瓦那煙草宣傳和防御委員會倡議的回應。

古巴煙草研究院的使命是為高效、有效和可持續的煙草生產鏈的發展創造和提供科學和技術基礎。這個研究院成立后，古巴開始了種植變革，以前各個雪茄莊園都是自己種自，研究院成立后開始了統一育種，而且禁止莊園種植容易帶來病蟲害的品種，例如以前古巴有一個出名的煙葉品種叫做金色的頭發，這種煙葉濃郁度很高，可是很容易感染病蟲害，后來就在古巴全境被禁止種植了。