16世紀末，當煙草最初出現在東北亞海城時，明朝已經控制了整個遼河流域下游和遼東半島，將這片領土作為山東省的一部分進行管理。然而，這種局面很快就被改變了。1618年，明朝與來自建州附近地區的女真各部首領努爾哈赤之間持續已久的緊張局勢，演化成公開的戰爭。到1621年，努爾哈赤吞并了遼東大部分地區，他的軍隊控制了包括沈陽在內的遼東所有大城鎮。努爾哈赤的第八子皇太極在1626年他父親死后成為可汗，十年后宣布自己是新王朝——清朝的皇帝，并將他的女真臣民重新命名為“滿洲”。經過皇太極的軍隊數年的軍事騷擾和連續的邊境襲擊，明朝北部防線最終在1644年完全崩潰，清軍長驅直入攻占北京并征服了全中國。在此期間，煙草在清初政權控制的區域獲得了一席之地。

　　與在中國東南部一樣，煙草作為一種來自東亞海域的商品，最初也取道日本和朝鮮，或者從山東或遼東的明朝轄區進人東北。煙草一度沒有引起清政府的關注，所以無從知曉它最早傳人的時間。到1625年前后，煙草可能已經開始流通。日本人可能在16世紀70年代就已經知道煙草。朝鮮人大約在1616年或1617年認識煙草，可能是由于煙草從日本對馬島進口到釜山港。朝鮮人從17世紀20年代初開始種植和銷售煙草。因為煙草的藥用性質據說可以與人參相媲美，所以煙草立即在朝鮮廣受歡迎。也許由于同樣的原因，朝鮮人不久后就在遼東人（包括漢人和女真人）中為煙草找到了一個現成的市場。

　　早在努爾哈赤與明朝的關系逐漸惡化、最終于1621年吞并遼東之前，中國商人可能就在東北邊境市場上交易煙草。女真人擁有東北的自然資源，包括貂皮、珍珠和野生人參，所有這些都是他們的朝鮮和中國貿易伙伴非常想要得到的。1618年，努爾哈赤占領了規模最大和最為重要的邊境市場所在地——撫順，當時建州女真和漢人之間的合法邊境貿易在明朝專門指定的五個地點進行。在這些16世紀末幾乎每天都開辦的市集上，女真人用北方森林的物產交換食品、紡織品、鐵器、耕牛和農具。當努爾哈赤的軍隊進入撫順時，來自中國幾個不同省份的商人都居住在那里。至少有一些旅居者來自已經有煙草買賣的南方城市，而且這些商人有可能在皇太極接替努爾哈赤成為可汗之前，就已經將煙草樣品帶往北方邊境。

　　清初文人方以智認為煙草最初于明代萬歷年間出現在漳州和泉州，并逐漸從那里傳播到“九邊”。他指出，到17世紀30年代，吸煙在長城沿線衛成的士兵中非常普遍，而且用少量煙草就可以輕易買到馬匹，因為“邊上人寒疾，非此不治”。王逋的記述表明，中國商人在北方邊境沿線經營煙草，以及茶葉和紡織品已經有一段時間了。

　　在東北，由于日益增多的敵對行動和隨后爆發的全面戰爭，官方的明朝——女真貿易關系于1618年破裂。然而，在整個17世紀20年代和30年代，中國的武裝民船繼續與遼東人暗中交易。來自日本和美洲的白銀以及中國紡織品、茶葉和牲畜繼續被用于交換貂皮和人參，盡管數量大大減少，最終中國煙草也從名義上效忠明朝的要塞走私到東北境內。朝鮮走私者還冒險進入朝鮮灣的未知水域，偷偷穿過明朝邊界，將禁運的日本或朝鮮煙草帶入滿洲領地。與此同時，遼東的農民也開始培植煙草，盡管皇太極從17世紀30年代初起就頒布了嚴格的禁煙令。雖然任何被抓到吸煙的老百姓都會被嚴懲，但東北南部的煙草消費量仍在17世紀30年代明顯增加。1633年初，一位為滿洲人效力的漢族將領楊方興向皇太極遞交了關于東北煙草的請愿書，指出雖然煙葉沒有什么好處（而且氣味難聞），但“金漢官民”無不吸煙。到1638年，吸煙在沈陽已經非常流行，以致《沈陽狀啟》的朝鮮作者指出：“有此禁斷，而此國市上，則行用不禁。”因為“此乃群情之所在”。

　　因此，清朝開國精英早在入關統治中國以前就迷戀吸煙。不論地位高下，不論男女都是如此。1641年禁令取消之后，甚至一些顯赫的皇族成員，如攝政王多爾袞也開始公開吸煙。在四川，根據傅氏宗譜纂修傅義遷的記載，煙草對于滿蒙八旗弁兵“尤所必需”，可能是因為他們相信煙草能使他們不受西南瘴氣之害。傅氏將他們的田地改種煙草，趕緊將之提供給新來者。

　　正如傅氏族譜所表明的，清軍入關后，旗人推動煙草廣泛傳播到中國其他地區。在1644年以前的數年間，由于晚明實施了與遼東類似的禁煙令，江南官員取締煙草。因此，松江府的種植量減少了。八旗軍隊的到來重新激勵了當地的煙草業，以致“一時販者輻輳，種者復廣，獲利亦倍初價”。漸漸地，煙草業被上流土紳接受，到1670年，吸煙在江南地區非常普遍，甚至在漢族土紳精英中也是如此。

　　清軍入駐北京也重振了華北煙草貿易。大運河沿岸山東地區，特別是濟寧和兗州的農民，開始重新種植煙草，以供在京城銷售。到1647年煙農在究州府無所不在。正如一位方志編纂者觀察到的，“至今遍地栽煙，每歲京客來販收買這不絕，各處因添設煙行”。同樣，北京周圍郊區的農民在清軍入關后增加了煙草的種植。法國耶穌會士李明于1687年來到中國，他描述了就在城墻外種植煙草的情況。然而，這種本地種植的煙草主要用于非精英消費。更富裕的吸煙者喜歡引進的煙草產品，這些煙草不僅來自東北和福建，還來自帝國各地新開辟種煙區，包括中國遙遠西部邊疆的一些地方。