近日,中國農業科學院煙草研究所煙草種質資源與生物育種創新團隊在多組學聯合分析軟件開發中取得新進展,相關研究成果發表在《植物通訊(Plant Communications)》(Top 5%,?IF=9.4)。
在組學技術爆發式增長的今天,多組學數據關聯分析在功能基因組學、分子機理解析研究中扮演著越來越重要的角色。然而多組學關聯分析的技術復雜度也隨著學科發展不斷提高,科研人員尤其是從事濕實驗工作的科研工作者正面臨前所未有的數據分析挑戰。為降低多組學數據關聯分析涉及的軟件安裝、數據清洗、質控、格式轉換、參數調整等技術門檻,團隊開發了EasyOmics一站式分析軟件,憑借其“零代碼可視化分析”的核心優勢,為濕實驗室生物學家帶來便攜的解決方案。
作為首個整合多組學關聯分析的桌面級應用,EasyOmics將傳統需要數月學習的命令行操作轉化為直觀的圖形界面。軟件內嵌智能參數推薦系統,即使缺乏統計學背景的用戶,也能通過引導式操作完成復雜分析。軟件搭載八大核心模塊,包含數據質控、遺傳力評估到GWAS分析、組學數據關聯分析、孟德爾隨機化、數據展示等工具,完整覆蓋組學研究全流程。研究者僅需點擊鼠標即可完成轉錄組與蛋白質組等數據的關聯分析,系統自動生成可直接投稿的矢量圖。該平臺采用Docker容器化技術,支持Windows、macOS和Linux系統秒級部署。用戶無需配置復雜環境,通過預裝鏡像即可實現“下載即用”,較傳統方法節省大量的時間。目前非商業用戶可通過Docker Hub免費獲取,軟件安裝及使用說明書如下:https://hanyu-me.github.io/EasyOmics_tutorial/。
煙草所為該論文第一完成單位,煙草所與四川大學聯合培養碩士研究生韓雨與煙草所碩士研究生杜巧為論文共同第一作者,煙草所昝艷君研究員、蘭州大學劉建全教授為論文共同通訊作者。該研究得到國自然青年基金、國家重點研發計劃青年科學家項目、山東省泰山學者人才工程、山東省海外優秀青年科學基金、中國農業科學院科技創新工程等項目的資助。
篤行致遠 2024中國煙草行業發展觀察