純手工雪茄是一種純天然的農產品，因此會不可幸免地受到蟲蟻的侵害。侵害雪茄的蟲類被稱為雪茄蟲，又稱煙草甲蟲，它不是一種固定的蟲害，所有以雪茄煙葉為食物的蟲類都可以稱作雪茄蟲。

對于雪茄來說，雪茄蟲的入侵是“致命的”，它們蛀蝕雪茄，在茄體上形成孔洞，輕則影響雪茄美觀，重則導致雪茄千瘡百孔以至于被毀。如果是雌性雪茄蟲還會在雪茄中產卵，產生更多的雪茄蟲，循環往復。

如果你的雪茄表面出現針孔大小的洞，把雪茄開口的一端在白紙上輕嗑幾下，有黑色的、細沙狀的粉末掉出（雪茄蟲的排泄物），或者把茄體表面的孔洞朝下在紙上輕嗑，也會有黑色的、細沙狀的粉末掉出，那么就表面這支雪茄已經被蟲蛀了。

感染雪茄蟲的原因大致有高溫高濕、儲存不當、出廠感染等，當雪茄出現雪茄蟲后，可采用以下措施進行補救：

把蟲蛀和未蟲蛀的雪茄分開裝入食品密封袋內，并放入冰箱冷藏層冷藏6-12小時，然后再移至冰箱的冷凍層內進行3天左右冰凍，最后再次放入冷藏層經過6-12小時后取出雪茄，雪茄蟲就在低溫環境下被殺死了。（將雪茄從冷藏移到冷凍，再從冷凍移到冷藏，是為了讓雪茄在溫度上有個過渡，避免溫度變化過大引起茄衣爆裂。）

經過以上殺蟲處理的雪茄，還要定期進行檢查，防止蟲蛀現象再次出現。如蟲蛀現象太過嚴重，則建議盡快丟棄，不再吸食。同時把可挽救的雪茄隔離，并仔細檢查其他雪茄是否受蟲蛀。

另外，有研究表明，雪松木因其特有的半樹脂汁可以在雪茄養護過程中保護雪茄免受真菌，蟲蟻的侵害。因此，建議雪茄客盡量選擇雪松木制作的雪茄盒（柜）。